Refakturowanie to przeniesienie kosztów związanych ze sprzedażą na podmiot, który jest bezpośrednim odbiorcą danych usług. Refakturowanie jest dozwolone w przypadku gdy podmiot, na którego pierwotnie została wystawiona faktura nie korzysta z usług lub robi to tylko w pewnym zakresie. Stawka podatku VAT na fakturze oraz refakturze musi się zgadzać. Nie ma również możliwości naliczania jakiejkolwiek marży. Obowiązek podatkowy powstaje zazwyczaj z chwilą zakończenia świadczenia usługi. Szczegółowe kwestie dotyczące refakturowania nie zostały ujęte w przepisach prawa, stąd też wiele zależy od charakteru prowadzonej działalności gospodarczej.

Refaktura VAT wystawiana jest w momencie odsprzedaży nabytych wcześniej usług, w celu przeniesienia kosztu usługi na ostatecznego nabywcę. Może odnosić się zarówno do usług krajowych, jak i zagranicznych. Ważne: zwykle refaktura odnosi się do usług, choć nie ma przeciwskazań aby objąć nią także towary.

Przy wystawianiu refaktury VAT istotne jest aby zastosować taką samą stawkę VAT, jaka przypisana jest do otrzymanej usługi (niezależnie od tego, czy była ujęta na wystawionej wcześniej fakturze, czy pochodziła od podmiotu zwolnionego z VAT). Refaktury opisywane są jak "zwykłe" faktury VAT (nie uwzględnia się dopisku "refaktura").

Refaktura VAT powinna zostać wystawiona najpóźniej do 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu wykonania usługi/dostarczenia towaru i najwcześniej na 30 dni przed planowanym czasem wykonania usługi/dostarczenia towaru.

Przy okazji wystawiania refaktury VAT możliwe jest doliczenie do niej swojej marży/prowizji - może się więc zdarzyć, że kwota na refakturze będzie różniła się od wartości ujętej na pierwotnej fakturze.

Przyjmuje się, że przy refakturze VAT obowiązek podatkowy powstaje na zasadach ogólnych - datą powstania obowiązku podatkowego jest data wykonania usługi. Ważne: nie jest to jednoznaczne stanowisko, dlatego zaleca się aby w przypadku świadczeń podlegających refakturowaniu, poprosić o indywidualną interpretację podatkową.

Koszty z refaktury VAT nie są związane bezpośrednio z przychodami - zalicza się je więc do kosztów uzyskania przychodu z datą ich poniesienia. Ważne: nie jest to jednoznaczne stanowisko, dlatego zaleca się aby w przypadku świadczeń podlegających refakturowaniu, poprosić o indywidualną interpretację (często stanowisko organów podatkowych uzależnione jest od profilu prowadzonej działalności).