Marża w podatku VAT to różnica między kwotą do zapłaty za daną usługę lub towar, a ceną nabycia, która pomniejszona jest o wartość podatku VAT. Zatem podatnik nalicza i odprowadza podatek wyłącznie od prowizji jaką nałożył na towary lub usługi, a nie od łącznej kwoty sprzedaży. Fakturę VAT marża wystawiają najczęściej biura podróży świadczące usługi turystyczne oraz przedsiębiorcy, którzy dostarczają towary używane, dzieła sztuki, przedmioty kolekcjonerskie oraz antyki. Faktura VAT marża może być wystawiona w formie zaliczkowej po to by rozliczyć zaliczki otrzymane na poczet przyszłych dostaw towarów lub usług.

Faktura zaliczkowa VAT marża wystawiana jest w celu potwierdzenia otrzymania wpłaconej przez kontrahenta zaliczki do złożonego zamówienia.

Nie ma jasnej instrukcji, jak postępować w przypadku konieczności rozliczenia faktury zaliczkowej VAT marża (z racji trudności w określeniu właściwej marży). Zaleca się aby w takim przypadku za właściwą przyjąć wartość brutto wpłaconej zaliczki.

Obowiązek podatkowy przy fakturach zaliczkowych VAT marża powstaje z datą otrzymania zaliczki.