Zgodnie z przepisami, które obowiązują od 1 listopada 2019 roku (wprowadzenie obligatoryjnego MPP czyli mechanizmu podzielonej płatności tzw. split payment) stosowanie MPP jest również możliwe do płatności zaliczkowych, tj. płatności całości lub części wynagrodzenia otrzymanego przed dokonaniem dostawy towaru lub wykonaniem usługi, które nie są udokumentowane przez sprzedającego fakturami zaliczkowymi. Zgodnie ze stanowiskiem Ministerstwa Finansów w przypadku zapłaty zaliczki w podzielonej płatności podatnik powinien być w stanie udowodnić, że płacona przez niego zaliczka dotyczy konkretnej faktury, którą otrzyma po zapłacie zaliczki.

Faktura zaliczkowa MPP wystawiana jest w celu umożliwienia zapłaty zaliczki w mechanizmie podzielonej płatności (MPP). Jest to wyjątkowy przypadek, kiedy wpłata zaliczki następuje dopiero po wystawieniu faktury zaliczkowej.

Faktury zaliczkowe MPP wystawiane są zgodnie z treścią ustawy o VAT (art. 106i ust. 7 pkt 2), która daje możliwość wystawienia faktury na 30 dni przed otrzymaniem części lub całości zapłaty.

Jeżeli w ciągu 30 dni od chwili wystawienia faktury zaliczkowej MPP nie otrzymamy do niej wpłaty, dokument zostanie potraktowany jako tzw. "pusta faktura". Jej wystawienie podlega karze grzywny lub pozbawienia wolności (wystawienie faktury zaliczkowej MPP wiąże się więc z dużym ryzykiem dla sprzedawcy).