Faktura wewnętrzna jest również znana jako dokument wewnętrzny opodatkowania. Firmy, które prowadzą działalność w Polsce niejednokrotnie stają w sytuacji, w której wykonana czynność nie będzie wymagała wystawienia faktury, a mimo to wywoła obowiązek opodatkowania. Do roku 2013 stosowano faktury wewnętrzne, które nie są już stosowane ale za to pozostał po nich obowiązek opodatkowania. Dlatego stosuje się obecnie dokument wewnętrzny opodatkowania, który dalej potocznie nazywa się fakturą wewnętrzną. Pośród czynności, w których występuje obowiązek opodatkowania VAT znajdziemy m.in. nieodpłatne przekazanie towarów lub usług czy wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów i usług, oraz zwrot różnego rodzaju dotacji, subwencji i innych dopłat.

Faktury wewnętrzne najczęściej wystawiane były w razie konieczności/potrzeby uzupełnienia elementów, których zabrakło na otrzymanej fakturze bądź w sytuacji, kiedy przedsiębiorca zobowiązany był do naliczenia VAT od transakcji we własnym zakresie. Czas przeszły nie pojawił się tu przypadkowo - obecnie faktury wewnętrzne nie mają już zastosowania, choć w wielu firmach ciągle są wystawiane (nie jest to błąd - nie zostało to zabronione) Stosuje się je w celach porządkowych, szczególnie jeśli pewne czynności nie wymagają wystawienia faktur ale wywołują obowiązek opodatkowania transakcji, np. przy nieodpłatnym przekazaniu towaru.

Fakturą wewnętrzną stanie się dokument zawierający poniższe elementy: 1. dane identyfikujące fakturę (datę wystawienia, unikalny numer dokumentu), 2. dane wystawcy faktury (imię i nazwisko/nazwa, adres, NIP), 3. szczegóły dotyczące sprzedaży/usługi (datę usługi/sprzedaży/dostawy, nazwę usługi/towaru, zakres wykonanej usługi/miarę i ilość dostarczonych towarów), 4. szczegóły dotyczące płatności (cenę jednostkową netto usługi/towaru - bez podatku, zbiorczą wartość sprzedaży netto - bez podatku, kwotę brutto: należność za sprzedaż ogółem wraz z należnym podatkiem, kwotę podatku ogółem z podziałem na poszczególne stawki podatku). Charakterystyczną cechą jest brak danych odbiorcy - faktury wewnętrzne pozostają wyłącznie w dokumentacji wystawcy.

Fakturę wewnętrzną należy ująć w Księdze Przychodów i Rozchodów (KPiR) w dacie jej wystawienia. Nie mamy obowiązku rozliczania podatku dochodowego od osób fizycznych. Dokument księgujemy w rejestrach VAT.