Obecna ustawa o VAT nie wskazuje obowiązku wystawiania faktur wewnętrznych, jednakże podatnicy, zwłaszcza ci z wieloletnim doświadczeniem na rynku, w dalszym ciągu stosują ten typ dokumentu w swojej działalności. Istotne jest jednak, by firmy dbały o dowody księgowe. Dowolność ich formułowania daje im prawo, które dopuszcza różne możliwości poświadczania prowadzonych działań wewnątrz firmy. Pochodną faktur VAT wewnętrznych są obecnie dokumenty wewnętrzne inaczej zwane notami. W wielu przypadkach stanowią one jedyny dokument poświadczający dane czynności. Przedsiębiorcy, mimo iż są zwolnieni z wymogu wystawiania faktur, wciąż muszą obliczać i regulować należności podatku VAT we własnym zakresie. To właśnie dzięki sporządzaniu dokumentów wewnętrznych uzyskują dodatkowe, a często jedyne, potwierdzenie podjętych działań.

Od 1 stycznia 2013 roku obowiązek wystawiania faktur wewnętrznych VAT został zniesiony. Nie ma jednak przepisu mówiącego o tym, że nie można tego robić. Fakturą wewnętrzną VAT stanie się dokument, który zawiera informacje opisane w kategorii "Faktura wewnętrzna".

Na fakturze wewnętrznej VAT możemy udokumentować nieodpłatne dostawy/usługi zrównane z odpłatnymi, dostawy/usługi, dla których podatnikiem jest nabywca oraz wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów - czyli sytuacje, kiedy przedsiębiorca zobowiązany jest do naliczenia podatku VAT we własnym zakresie.

Istnieje możliwość wystawienia jednej zbiorczej faktury uwzględniającej czynności z danego miesiąca. Należy to jednak wykonać w terminie do 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym wystąpiły skłaniające do tego zdarzenia.