Faktura końcowa wystawiana jest w związku z ostatnią płatnością, której należy dokonać za określony towar lub usługę. Oznacza również zakończenie danej transakcji. Faktura końcowa określa nie tylko sumę, która pozostała do zapłaty, ale też kwotę do tej pory uiszczoną na podstawie faktur zaliczkowych. Osoba zwolniona z podatku VAT ma obowiązek wystawienia faktury bez VAT dopiero po zakończeniu dostawy towaru lub zrealizowaniu usługi. Podatnicy, których nie obowiązuje VAT nie wystawiają faktur zaliczkowych, gdyż zaliczki nie są ujmowane jako koszt lub przychód, czyli nie generują skutków w podatku dochodowym.