Jeśli na wszystkich wystawianych dokumentach, pozycje mają tą samą stawkę ryczałtu to nie trzeba oznaczać stawki ryczałtu na dokumencie - można to zrobić na stronie - https://www.fakturowo.pl/raporty - podczas generowania raportu o nazwie - Ryczałt > Ewidencja przychodów.

Jeśli pozycje na wystawianym dokumencie mają inne stawki ryczałtu to dla każdej pozycji na fakturze można zaznaczyć inną stawkę - opis w dziale pomocy:
https://www.fakturowo.pl/pomoc/stawka-ryczaltu-dla-kazdej-pozycji

ale nie ma stawki 12,5 %. I chodzi mi również o ewidencje przychodu oraz obliczenia ryczałtu

Stawka ryczałtu 12,5% jest już widoczna na liście  stawek, na stronie - https://www.fakturowo.pl/raporty - może Pan wygenerować raport o nazwie - Ryczałt > Ewidencja przychodów.

ale w samym raporcie ewidencji nie ma tej stawki, i co za tym idzie nie oblicz podatku

W raporcie jest już stawka 12,5%