Krajowy System e-Faktur objął również branżę medyczną. Lekarze prowadzący indywidualne praktyki, gabinety stomatologiczne, przychodnie, kliniki oraz inne podmioty wykonujące działalność leczniczą muszą więc zwrócić uwagę nie tylko na sposób wystawiania faktur, ale również na to, komu dokument jest wystawiany. W przypadku usług medycznych sytuacja może wydawać się nieco bardziej skomplikowana, ponieważ wiele z nich korzysta ze zwolnienia z VAT. Samo zwolnienie z podatku VAT nie oznacza jednak zwolnienia z obowiązku korzystania z KSeF. W praktyce najważniejsze jest ustalenie, kto jest nabywcą usługi. Inaczej wygląda bowiem faktura wystawiana przez lekarza dla szpitala lub przychodni, a inaczej dokument dla prywatnego pacjenta.
Czy lekarze muszą korzystać z KSeF?
Tak. Obowiązek korzystania z KSeF może dotyczyć również lekarza prowadzącego jednoosobową działalność gospodarczą czy indywidualną praktykę lekarską. Nie ma tutaj znaczenia, że przedsiębiorca wykonuje zawód medyczny ani że świadczone przez niego usługi są zwolnione z VAT. Podatnicy korzystający ze zwolnienia przedmiotowego lub podmiotowego również zostali objęci zasadami KSeF. Dotyczy to między innymi lekarzy, stomatologów, pielęgniarek, fizjoterapeutów, psychologów oraz innych osób wykonujących działalność medyczną, jeżeli wystawiają faktury podlegające obowiązkowi KSeF. Dla większości takich przedsiębiorców obowiązek wystawiania faktur w KSeF rozpoczął się 1 kwietnia 2026 roku. Trzeba jednak pamiętać o przepisie przejściowym obowiązującym do końca 2026 roku. Jeżeli miesięczna wartość sprzedaży dokumentowanej fakturami wystawianymi poza KSeF nie przekracza łącznie 10 000 zł brutto, przedsiębiorca może korzystać z czasowego wyłączenia i wystawiać takie dokumenty poza systemem. Od 1 stycznia 2027 roku to czasowe ułatwienie przestanie obowiązywać.
Usługi medyczne zwolnione z VAT a KSeF
Jednym z częstszych nieporozumień jest założenie, że skoro lekarz świadczy usługi zwolnione z VAT, nie musi korzystać z KSeF. Są to jednak dwie różne kwestie. Zwolnienie z VAT określa sposób opodatkowania konkretnej usługi. Obowiązek korzystania z KSeF dotyczy natomiast sposobu wystawienia faktury. Przykładowo lekarz może świadczyć usługi medyczne korzystające ze zwolnienia z VAT i jednocześnie mieć obowiązek wystawienia faktury ustrukturyzowanej w KSeF, jeżeli wykonuje usługę na rzecz innego przedsiębiorcy. W praktyce będzie to częsta sytuacja w przypadku lekarzy współpracujących ze szpitalami, prywatnymi klinikami, przychodniami czy innymi placówkami medycznymi.
Lekarz wystawia fakturę dla przychodni lub szpitala
Załóżmy, że lekarz prowadzi własną działalność gospodarczą i na podstawie umowy świadczy usługi w prywatnej przychodni. Na koniec miesiąca wystawia przychodni fakturę za wykonane świadczenia. Jeżeli spełnione są warunki objęcia transakcji obowiązkowym KSeF, faktura powinna zostać wystawiona jako faktura ustrukturyzowana i przesłana do systemu. Podobna sytuacja występuje, gdy lekarz rozlicza swoje usługi ze szpitalem, centrum medycznym albo innym przedsiębiorcą. Nie ma przy tym znaczenia, że na fakturze nie jest naliczany VAT ze względu na zastosowane zwolnienie.
A co z fakturą dla prywatnego pacjenta?
Inaczej wygląda sytuacja w przypadku pacjenta, który korzysta z wizyty prywatnie i nie występuje jako przedsiębiorca. Faktury B2C, czyli wystawiane osobom fizycznym nieprowadzącym działalności gospodarczej, nie są objęte obowiązkiem wystawiania w KSeF. Jeżeli więc pacjent przychodzi prywatnie do gabinetu i prosi o fakturę wystawioną na swoje dane jako konsumenta, dokument nie musi być przesyłany do KSeF. Przepisy pozwalają jednak na dobrowolne wystawienie takiej faktury w systemie. Jeżeli lekarz zdecyduje się skorzystać z tej możliwości, musi zapewnić pacjentowi dostęp do dokumentu w odpowiedniej formie. Warto więc rozróżniać dwie sytuacje: fakturę dla pacjenta będącego konsumentem oraz fakturę dla przedsiębiorcy, przychodni, szpitala lub innego podmiotu gospodarczego.
KSeF nie zmienia zasad zwolnienia usług medycznych z VAT
Wprowadzenie KSeF nie oznacza, że wszystkie usługi wykonywane przez lekarza nagle stają się opodatkowane VAT. Usługi w zakresie opieki medycznej mogą nadal korzystać ze zwolnienia przewidzianego w ustawie o VAT, jeżeli spełniają wymagane warunki. Dotyczy to przede wszystkim świadczeń służących profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu lub poprawie zdrowia. KSeF zmienia przede wszystkim sposób tworzenia i przekazywania faktury, a nie zasady ustalania stawki VAT lub prawa do zwolnienia. To ważne rozróżnienie, ponieważ lekarz wystawiający fakturę w KSeF powinien prawidłowo wskazać również sposób opodatkowania danej usługi.
Faktury lekarzy wystawiane dla NFZ
Szczególną kategorię stanowią faktury związane z rozliczeniami z Narodowym Funduszem Zdrowia. W strukturze faktury KSeF należy prawidłowo rozróżnić nabywcę i odbiorcę. Narodowy Fundusz Zdrowia posiada jeden NIP, natomiast poszczególne jednostki organizacyjne NFZ mogą być identyfikowane za pomocą odpowiednich identyfikatorów wewnętrznych. W praktyce nabywcą wskazywanym w strukturze faktury jest Narodowy Fundusz Zdrowia, natomiast odbiorcą może być Centrala NFZ albo konkretny oddział wojewódzki. Dane nabywcy trafiają do sekcji Podmiot2, natomiast dane właściwego odbiorcy mogą zostać przekazane w sekcji Podmiot3 faktury ustrukturyzowanej. Ma to znaczenie dla prawidłowego przypisania dokumentu do właściwej jednostki.
Identyfikatory oddziałów NFZ w KSeF
Przy wystawianiu faktury dla konkretnej jednostki organizacyjnej NFZ wykorzystywane są identyfikatory wewnętrzne. Dla Centrali oraz poszczególnych oddziałów wojewódzkich są to:
- Centrala NFZ: 1070001057-00177
- Dolnośląski OW NFZ: 1070001057-00018
- Kujawsko-Pomorski OW NFZ: 1070001057-00021
- Lubelski OW NFZ: 1070001057-00034
- Lubuski OW NFZ: 1070001057-00047
- Łódzki OW NFZ: 1070001057-00050
- Małopolski OW NFZ: 1070001057-00063
- Mazowiecki OW NFZ: 1070001057-00076
- Opolski OW NFZ: 1070001057-00089
- Podkarpacki OW NFZ: 1070001057-00092
- Podlaski OW NFZ: 1070001057-00106
- Pomorski OW NFZ: 1070001057-00119
- Śląski OW NFZ: 1070001057-00122
- Świętokrzyski OW NFZ: 1070001057-00135
- Warmińsko-Mazurski OW NFZ: 1070001057-00148
- Wielkopolski OW NFZ: 1070001057-00151
- Zachodniopomorski OW NFZ: 1070001057-00164
Jakie dodatkowe informacje warto umieścić na fakturze dla NFZ?
Sama identyfikacja nabywcy i odbiorcy nie zawsze wystarczy do sprawnego rozliczenia dokumentu. W przypadku faktur związanych z realizacją umów z NFZ przydatne może być przekazanie dodatkowych informacji pozwalających jednoznacznie ustalić, czego dotyczy faktura. Może to być przede wszystkim numer umowy z NFZ, okres, za który następuje rozliczenie, oraz numer zamówienia, jeśli występuje w danej transakcji. Struktura FA(3) przewiduje odpowiednie pola pozwalające przekazać takie informacje w sposób uporządkowany.
Lekarz musi również odbierać faktury z KSeF
KSeF dla lekarza nie oznacza wyłącznie wysyłania faktur sprzedażowych. Przedsiębiorca prowadzący gabinet lub praktykę medyczną może również otrzymywać za pośrednictwem KSeF faktury kosztowe. Mogą to być dokumenty dotyczące między innymi zakupu wyposażenia gabinetu, materiałów, usług informatycznych, wynajmu lokalu czy innych wydatków związanych z działalnością. Obowiązek odbierania faktur poprzez KSeF obowiązuje od 1 lutego 2026 roku również tych przedsiębiorców, którzy sami zostali objęci obowiązkiem wystawiania faktur dopiero później. Dlatego nawet niewielki gabinet lekarski powinien mieć zapewniony dostęp do dokumentów przychodzących z KSeF.
Czy lekarz potrzebuje specjalnego programu do KSeF?
Nie ma obowiązku korzystania z komercyjnego programu. Faktury można obsługiwać również za pomocą narzędzi udostępnianych przez Ministerstwo Finansów. W codziennej pracy wygodniejsze może być jednak korzystanie z programu do fakturowania zintegrowanego bezpośrednio z KSeF. Pozwala to wystawić dokument w znanym interfejsie, przesłać go do KSeF, sprawdzić jego status, pobrać numer KSeF oraz odbierać faktury kosztowe bez konieczności każdorazowego logowania się do narzędzi Ministerstwa Finansów.
Serwis Fakturowo.pl jest zintegrowany z Krajowym Systemem e-Faktur i umożliwia zarówno wysyłanie wystawionych dokumentów do KSeF, jak i pobieranie faktur z systemu. Dzięki temu lekarz prowadzący działalność może obsługiwać faktury sprzedażowe i kosztowe w jednym miejscu.
KSeF w gabinecie lekarskim – o czym przede wszystkim pamiętać?
Najważniejsza zasada jest prosta: zwolnienie usługi medycznej z VAT nie oznacza automatycznie zwolnienia faktury z KSeF. Jeżeli lekarz prowadzący działalność wystawia fakturę innemu przedsiębiorcy, przychodni, klinice czy szpitalowi, powinien sprawdzić, czy dokument podlega obowiązkowemu wystawieniu w KSeF. Jeżeli natomiast dokument wystawiany jest prywatnemu pacjentowi jako osobie fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej, faktura B2C nie musi być wystawiana w KSeF. Szczególnej uwagi wymagają rozliczenia z NFZ, gdzie istotne jest prawidłowe wskazanie zarówno nabywcy, jak i właściwej jednostki będącej odbiorcą faktury. Dla lekarzy prowadzących jednoosobowe praktyki KSeF nie musi więc oznaczać skomplikowanej zmiany w codziennej pracy. Najważniejsze jest właściwe rozpoznanie rodzaju transakcji oraz korzystanie z programu, który prawidłowo przygotuje strukturę faktury i przekaże ją do KSeF.
